Der Materialflussrechner, auch MFS oder MFC genannt, ist eine Software zum Steuern der Daten- und Informationsflüsse zwischen Lagerverwaltungssystem (LVS) und Anlagensteuerung (SPS). Er übernimmt nicht nur die Kommunikation und damit das Konvertieren von unterschiedlichen Telegrammformaten, sondern auch das Transportmanagement. Hierbei insbesondere die Verwaltung von Statuszuständen, Kapazitäten und Laufzeiten; die Wegeoptimierung, Zielverfolgung und ggf. auch -auswahl; die Steuerung von Fördertechnik, RBGs - oder auch ganze HRL und AKL.
Der MFR ist hierbei nur Software. Sie besteht aus mehreren Prozessen, die unabhängig voneinander und ereignisgesteuert arbeiten. Durch ein mehrschichtiges Konzept werden Entscheidungstiefen gegliedert, was zu sehr schnellen Reaktionen (< 50 ms) bei einer Zielvorhaltung führt. Auch das Fehlerhandling und Fehlerrouting erfolgt durch den MFR - mit Information an das überlagerte LVS, um eventuell notwendige Gegenmaßnahmen oder Ersatzaktionen zu veranlassen. Nach Übergabe eines Transportauftrags vom LVS erfolgen die Zuordnung der Transportstrecken, die Nutzung der Ressourcen und die Reaktion an Entscheidungsstellen und Plätzen. Zur Kommunikation mit der SPS wird ein TCP/IP-Handshake-Protokoll eingesetzt.